Короткая заметка о запуске Matlab в xmonad wm. Проблема, с которой я столкнулся чётко описана в xmonad FAQ. В кратце, заключается в невозможности отображения граф. интерфейса приложений на Java в xmonad. Много решений предлагается в инете, но мне помогло следующее — использование jre1.7. Скачал его с java.net, собрал в /tmp/jdk1.7. Самая хитрая часть — запуск Matlab после этого. Короче, export MATLAB_JAVA=/tmp/jdk1.7.0/jre && matlab. Надеюсь это кому-то будет полезно и поможет сэкономить время.